首次申辦2000版往來港澳通行證，省屬單位人員可選擇向省、市或單位所在地、戶口所在的區（縣）三級出入境管理部門提出申請，市屬單位人員可選擇向市或單位所在地、戶口所在的區（縣）二級出入境管理部門提出申請；其他人員向戶口所在地或單位所在地的區（縣）公安出入境管理部門提出申請。

持有效2000版往來港澳通行證，無論前一次為何種簽注，再次申請的，申請人既可按上述途徑親自向受理部門提出申請，也可委託有出境旅遊經營權的旅遊公司代為申請。