首次申辦2000版往來港澳通行證，有兩種方式，一種是通過郵政特快專遞寄給申請人，一種是到原受理部門領取，由申請人在申請表上選擇領證方式。

　　持有效2000版往來港澳通行證再次申請簽注的，除上述方式外，還可以委託有出境旅遊經營權的旅遊公司代領。

　　近期，為緩解辦證潮，請申請人原則上選擇速遞方式領證。速遞辦證時限可比到受理部門領證縮短5天。